Patent ve Faydalı model tescil işlemleri ile ilgili olarak kurumun almış olduğu kararlara patent başvurusu sahibi, patent sahibi veya ilgili üçüncü kişiler tarafından kararın bildirim tarihinden itibaren iki ay içinde itiraz edilebilir.  Bu kapsamda yapılacak itirazlar kurul tarafından incelenmektedir.

Patent ve Faydalı model tescil sürecinde araştırma raporunun yayınlanması durumunda, rapor içeriğine karşı, araştırma raporu düzenlenememesi kararına karşı, şekli eksiklikler gibi benzer kurum kararlarına karşı itiraz etmek mümkündür. Karara itiraz edilmemesi durumunda kurumun verdiği karara göre hüküm kurulmaktadır.

Türk Patent ve Marka Kurumu Yeniden İnceleme ve Değerlendirme Kurulu tarafından verilen kararlara karşı itiraz yolu kapalı olup ancak ilgili mahkeme nezdinde dava açılabilir.